Генотипирование или секвенирование: разница между методами

Что тебя ждёт в этой статье

1. Что такое SNP и почему от этого зависит выбор метода
2. Как чип проводит измерение: список позиций
3. Секвенирование: чтение вместо проверки
4. Почему выбор позиций решает всё
5. Насколько точно чип измеряет и где точность снижается
6. Чего не обнаруживает чип
7. Почему два анализа слюны исследуют разные позиции
8. Что это означает для твоего собственного анализа слюны
9. Какой метод используется в анализе слюны mybody®x
10. Для какого вопроса нужен какой метод
11. Ограничения: чего эта статья не объясняет
12. Что важно в методе
Часто задаваемые вопросы
Источники

Что такое SNP и почему от этого зависит выбор метода

Твой геном — это очень длинная цепочка из четырёх строительных блоков. В большинстве позиций этой цепочки у всех людей находится один и тот же блок. Но в некоторых позициях это не так: у одного человека там стоит A, а у другого — G. Именно такая позиция называется SNP — произносится как английское слово snip — это сокращение от «однонуклеотидный полиморфизм», то есть отдельная позиция, в которой люди различаются одной буквой.

Такие позиции — исходный материал для любого анализа ДНК в области питания, тренировок или ухода за кожей. Исследуется не весь геном, а те участки, на которых у людей вообще бывают различия.

Сколько существует таких адресов

Именно это число — причина, по которой вообще существуют два метода. В общедоступной справочной базе данных dbSNP зарегистрировано более 100 миллионов подтверждённых вариантов человеческого генома (Lu и коллеги, 2021). Ни одно исследование в мире не проверяет их все по отдельности.

Если ни один метод не проверяет всё, значит, каждый метод проверяет лишь определённую выборку. Поэтому становится важно понять, как формируется эта выборка и кто её определяет.

Откуда взят образец, не меняет метод

Распространённое упрощение гласит, что слюна менее точна, чем кровь. Институт качества и эффективности медицинской помощи описывает несколько способов получения образцов для генетических исследований: как правило, используются клетки крови, в качестве альтернативы — волосы или клетки слизистой оболочки рта, для получения которых достаточно ватной палочки (IQWiG, по состоянию на 05.08.2026).

Из этих клеток генетический материал выделяют и исследуют с помощью очень точных методов — всё это, согласно тому же описанию. Таким образом, образец предоставляет лишь материал. Что именно из него считывается, определяет лежащая в основе технология — и именно о ней пойдёт речь начиная со следующей главы.

Как чип измеряет: список позиций

Генотипирование проводится с помощью так называемого массива, или, в разговорной речи, чипа: небольшого носителя, на котором для каждой проверяемой позиции находится соответствующая ей комплементарная последовательность. Когда твоя ДНК встречается со своей комплементарной последовательностью, возникает сигнал. Там, где такой последовательности нет, сигнала тоже не возникает — независимо от того, что находится в этом месте твоего генома.

Самое краткое описание метода приведено в обзоре в British Medical Journal. В нём SNP-чип называется ДНК-микроматрицей, которая проверяет генетическую вариативность в нескольких сотнях тысяч определённых участков генома. Ключевая часть формулировки — «определённых участков»: эти участки фиксируются ещё до того, как твой образец попадёт в лабораторию.

Цитата намеренно приведена в оригинале на английском языке. По-немецки она звучит так: SNP-чипы — это ДНК-микроматрицы, которые проверяют генетическую вариативность в нескольких сотнях тысяч определённых участков генома. Работа посвящена медицинской диагностике. В этой статье используется описанный в ней принцип измерения, а не медицинские примеры.

Как сигнал превращается в букву

Чип не считывает буквы. Он измеряет силу сигналов, и только по этим сигналам можно сделать вывод о том, какой именно элемент присутствует. Согласно Weedon и коллегам (2021), это происходит с помощью автоматической кластеризации: сигналы многих людей рассматриваются одновременно, и на основании формирующихся групп определяется, какая ДНК-оснóва присутствует у каждого человека.

Чтобы могли формироваться группы, в каждой группе должно быть достаточно людей. Если речь идёт о варианте, который носит много людей, это не проблема. Если же его носит почти никто, группа становится настолько маленькой, что её уже почти невозможно отличить от случайного шума.

Образ из трудовой жизни: чип работает как почтовое отделение с фиксированными ячейками. На каждой ячейке указан адрес, и поступившая корреспонденция надёжно сортируется. Если приходит письмо на адрес, для которого нет ячейки, оно не исчезает в хаосе — оно просто никогда не появляется.

Секвенирование: читать, а не проверять

Секвенирование идёт обратным путём. Оно не проверяет заранее названные позиции, а последовательно считывает участок наследственного материала и собирает его из множества коротких фрагментов чтения. То, что при этом обнаруживается, не обязательно кто-то ожидал заранее.

Именно поэтому в исследованиях секвенирование служит эталоном, с которым сравнивают результаты, полученные на чипе. Weedon и коллеги (2021) сопоставили результаты чипа с данными секвенирования тех же людей, чтобы проверить, как часто чип давал правильный результат.

В таблице нет столбца с ценой или качеством, и это не ошибка. Подход выбирают исходя из вопроса, а не по месту в рейтинге.

Почему отбор позиций решает всё

Кто-то определил, какие позиции попадут на носитель. Этот отбор и есть содержательная основа метода, и расширить его впоследствии нельзя.

Масштаб этого отбора можно оценить количественно. Большинство продуктов измеряют от 600 000 до 800 000 позиций, а сверху размер чипа практически ограничен миллионом позиций (Lu и коллеги, 2021). По сравнению с более чем 100 миллионами подтверждённых вариантов в dbSNP это, согласно той же работе, составляет менее одного процента.

Эти данные часто передают неправильно, поэтому уточним: речь идёт менее чем об одном проценте известных вариантов, а не менее чем об одном проценте вашей наследственности. Это два разных утверждения, и подтверждено только первое.

Почему выборка всё же охватывает больше, чем можно предположить по её числу

Позиции в геноме часто наследуются вместе. Тот, кто несёт определённый вариант, с высокой вероятностью несёт и определённые соседние варианты. На основании этой закономерности можно математически дополнить то, что не было измерено. Такое дополнение называется импутацией.

Импутация — причина, по которой выборка из нескольких сотен тысяч позиций даёт больше информации, чем предполагает граница собственного списка. Но это не измерение, а обоснованная оценка. Lu и коллеги (2021) указывают, что даже в простейшем случае распространённых вариантов её точность составляет менее 91 процента и зависит от того, какие позиции представлены на чипе.

Измеренная и дополненная позиции стоят в отчёте рядом, и по их виду невозможно понять, какая из них какая.

Четыре взаимосвязанных понятия

Насколько точно измеряет чип — и где точность снижается

Тот, кто принижает чипы, замалчивает их точность; тот, кто превозносит их, замалчивает условие, при котором эта точность достигается. Обе стороны неразрывно связаны.

Чип в цифрах

Источники: Lu C, Greshake Tzovaras B, Gough J, Computational and Structural Biotechnology Journal, 2021 · Weedon MN и коллеги, BMJ, 2021

Что означают эти цифры — и чего они не означают

Эти показатели выше 99 процентов относятся к 108 574 распространённым вариантам; для них результаты чипа и секвенирования почти во всех случаях совпадали по всем четырём показателям качества (Weedon и коллеги, 2021). Поэтому для подавляющего большинства того, что измеряет чип, измерение очень надёжно.

Повторяемость результатов свыше 99,9 процента часто смешивается с этим показателем (Lu и коллеги, 2021). Она лишь означает, что при двукратном измерении одной и той же пробы оба раза получается один и тот же результат. Это стабильность прибора, а не утверждение, что измеренная позиция была правильной для твоего вопроса.

Условие, при котором точность резко снижается

Для очень редких вариантов картина меняется. Weedon и коллеги (2021) обнаружили, что для вариантов с частотой ниже 0,001 процента подтвердить по данным секвенирования удалось лишь 16 процентов из 4 757 гетерозиготных генотипов, выявленных чипом. Гетерозиготный означает, что чип показывает в этой позиции два разных компонента.

Причина уже изложена в главе 2. Для автоматической кластеризации нужно достаточно участников в каждой группе. Если вариант практически никто не несёт, группа слишком мала, чтобы надёжно отделить её от шума. Тогда чип выдаёт ответ, который статистически не подтверждён.

Из этих двух чисел часто делают одно. Из показателя свыше 99 процентов для распространённых вариантов (Weedon и коллеги, 2021) делают рекламное утверждение, а из 16 процентов для очень редких вариантов (Weedon и коллеги, 2021) — разгромную критику. В обоих случаях опускается условие, при котором соответствующее число вообще имеет силу. Распространённый вариант — очень высокая точность. Очень редкий вариант — ненадёжный результат.

Чего чип не обнаруживает

Практически важнейшее свойство чипа — не доля ошибок, а пробел. Позиция, отсутствующая на носителе, не даёт ложного результата, а не даёт никакого, и в отчёте выглядит так же, как нормальная позиция. Там ничего нет.

Ошибка измерения проявляется как отклоняющееся значение, которое можно перепроверить. Непроверенная позиция вообще никак себя не проявляет.

Почему это относится и к отчётам без отклонений

Отсюда следует правило чтения. Нормальный раздел означает, что в проверенных позициях ничего подозрительного не обнаружено, а не то, что в непроверенных позициях ничего нет. Информативность отчёта заканчивается на границе его списка.

National Human Genome Research Institute отмечает, что отчёты таких исследований даже при использовании более комплексных методов содержат лишь заранее определённый набор вариантов (NHGRI, по состоянию на 14.06.2023).

Почему два анализа слюны измеряют разные позиции

Если метод определяется списком, то каждый список определяет свой собственный метод. А списки не стандартизированы. Национальный институт исследования генома человека формулирует это одной фразой: число и расположение проверяемых SNP различаются у разных поставщиков (NHGRI, по состоянию на 14.06.2023).

Важно и то и другое, но второе обычно упускают из виду. Два чипа могут содержать одинаковое количество позиций и при этом проверять разные позиции. Поэтому одно только число говорит меньше, чем кажется.

Тот же источник также классифицирует методы. Исследования для конечных потребителей, посвящённые особенностям здоровья и носительству генетических вариантов, часто проводятся с помощью SNP-микроматриц; лишь некоторые предложения используют секвенирование нового поколения, но тогда для специализированных задач (NHGRI, по состоянию на 14.06.2023). Таким образом, стандартом на потребительском рынке является чип.

Что из этого следует для сравнения

Два отчёта, различающиеся одним утверждением, не обязательно противоречат друг другу. Возможно, в них просто рассматривались разные позиции. Поэтому сравнение двух результатов становится сравнением только тогда, когда за ними стоят одни и те же позиции. О том, что из этого следует, если два отчёта действительно расходятся, рассказано в Два ДНК-теста, два результата.

Возражение напрашивается: тогда любое число на упаковке было бы бессмысленным. Но это не так. Оно ограничивает порядок величины, однако не заменяет вопрос о том, какие именно позиции имеются в виду.

Что это означает для твоего собственного анализа слюны

Всю технологию можно свести к одному предложению.

Чип очень точно измеряет позиции, которые на нём представлены, — и ничего не обнаруживает в позициях, которых на нём нет. Ни одна из двух половин по отдельности не даёт полной картины. Первая сама по себе звучит как обещание, вторая — как предупреждение. Вместе они описывают инструмент.

Для тебя как покупателя анализа слюны из этого следуют два вопроса, которые стоит задать до покупки. Сколько позиций измеряется? И выводятся ли утверждения в отчётах из измеренных или из расчётно дополненных позиций? На оба вопроса можно ответить, не раскрывая коммерческих тайн.

К этому добавляется третий вопрос, который уводит от самого метода: что поставщик делает с полученными позициями? Два теста на одном и том же чипе могут выдавать совершенно разные отчёты. К этому мы вернёмся в главе 11.

Какой метод лежит в основе анализа слюны mybody®x

То, что в целом относится к чипам, относится и к собственным тестам. ДНК-анализы mybody®x (MYBODY Lab GmbH) используют SNP-генотипирование более чем 700 000 позиций по образцу слюны (по состоянию на 31.08.2026).

Таким образом, этот метод находится у верхней границы диапазона, который Lu и коллеги (2021) описывают для рынка. Он следует той же логике, что и любой другой чип, с тем же пробелом за пределами списка.

ДНК-тест по слюне

Долголетие | ДНК-тест ALL IN ONE

Тест Longevity выполняет генотипирование. Он не проводит секвенирование. Анализируются более 170 генетических вариаций, связанных с питанием, снижением веса, фитнесом и кожей, собранных в 74 отчёта. Чего он не делает: не считывает ваш геном полностью, не обнаруживает варианты в позициях, отсутствующих в списке, не ставит диагнозов и ничего не сообщает о заболеваниях.

Цена 369,00 € по состоянию на 31.08.2026, возможны изменения

Тип образца Слюна

Срок обработки Отправка набора: 1–3 рабочих дня
Лабораторный анализ в течение 15–25 рабочих дней после получения образца

Лаборатория сертифицированная лаборатория в Германии
Информация со страницы продукта, дата обращения: 31.08.2026

О ДНК-тесте Longevity

Одно число на этой карточке заслуживает пояснения, которое редко кто приводит. Чип измеряет более 700 000 позиций, а анализируются более 170 генетических вариаций. Это не противоречие: не каждая измеренная позиция позволяет сделать вывод, для которого существует надёжная доказательная база.

Как именно количество измеренных позиций распределяется по отдельным отчётам, публично не задокументировано. Поэтому здесь эта информация отсутствует — вместо того чтобы гадать. Она отмечена редакцией как открытый вопрос.

Какой вопрос требует какого метода

Для вопросов, основанных на распространённых вариантах, подходящим методом является генотипирование. Оно определяет эти варианты с точностью более 99 процентов (Weedon и коллеги, 2021) и делает это одновременно во множестве позиций.

Для вопросов, где решающую роль играет редкий или ранее неизвестный вариант, чип — неподходящий инструмент. Не потому, что он неточен, а потому, что вопрос выходит за рамки его конструкции. Такие вопросы относятся к медико-генетической диагностике и требуют участия врача.

Как понять это по своему вопросу

Есть простая проверка. Если вы спрашиваете, как ваш организм справляется с тем, что касается многих людей, — кофеином, молочным сахаром, физической выносливостью, потребностью в питательных веществах, — то речь идёт о распространённых вариантах, для которых и предназначен чип.

Если же вы спрашиваете о заболевании, которое заметно чаще встречается в вашей семье, то это уже не вопрос к потребительскому продукту. Для этого существует медико-генетическое консультирование, которое работает с другими методами, требованиями и беседами.

Ограничения: что эта статья не разъясняет

Эта статья описывает метод измерения. Она не описывает, насколько качественен анализ, основанный на этом измерении. Два поставщика с одним и тем же чипом могут предоставлять очень разные отчёты, и тогда различие заключается не в технологии, а в интерпретации.

16 процентов из главы 5 (Weedon и коллеги, 2021) получены в исследовании, посвящённом редким вариантам, связанным с заболеваниями. Их перенос на отчёты о питании и образе жизни не подтверждён, и здесь это также не утверждается. Заимствован лишь механизм, объясняющий, почему кластеризация при очень редких вариантах становится менее надёжной.

У данных об импутации тоже есть ограничение. Значение менее 91 процента относится к простейшему случаю распространённых вариантов и зависит от того, какие позиции представлены на конкретном чипе (Lu и коллеги, 2021). На основании этого нельзя вывести число для конкретного отчёта конкретного поставщика.

Три из четырёх источников этой статьи написаны на английском языке и датированы 2021 и 2023 годами. Более новые поколения чипов могут поддерживать другие порядки величин. Если какие-либо данные старше современного уровня, рядом с ними непосредственно указан год, чтобы ты мог сам оценить их актуальность.

И открытый вопрос из главы 9 остаётся открытым: сколько измеренных позиций попадает в отдельные отчёты, публично не задокументировано. Предполагаемое число было бы менее точной ошибкой.

Что важно в методе

Если вынести из этой статьи только одно практическое действие, пусть это будет следующее: прежде чем сравнивать тесты слюны, запишите два вопроса и задайте их поставщику. Сколько позиций измеряется? И какие утверждения основаны на измеренных позициях, а какие — на позициях, дополненных расчётным способом?

Причина незамысловата. Количество отчётов, объём книги и число глав описывают, сколько было сделано из одного измерения. Они не описывают, сколько было измерено. Это две разные характеристики, и только вторая относится к методу.

Всё началось с вопроса о том, чем отличаются генотипирование и секвенирование. Самый краткий ответ: списком. У одного метода он есть, у другого — нет. Всё остальное в этой статье — подробное объяснение этой единственной разницы.

Часто задаваемые вопросы

Источники

1. Weedon MN, Jackson L, Harrison JW, Ruth KS, Tyrrell J, Hattersley AT, Wright CF: Использование SNP-чипов для выявления редких патогенных вариантов: ретроспективная популяционная диагностическая оценка. BMJ 2021;372:n214, DOI 10.1136/bmj.n214 – bmj.com
2. Институт качества и экономической эффективности в системе здравоохранения (IQWiG): Что происходит при генетическом тестировании? (по состоянию на 05.08.2026) – gesundheitsinformation.de
3. Lu C, Greshake Tzovaras B, Gough J: Обзор данных о генотипах, полученных в результате генетического тестирования напрямую для потребителей, и инструмент контроля качества (GenomePrep) для исследований. Computational and Structural Biotechnology Journal 2021, DOI 10.1016/j.csbj.2021.06.040 – pmc.ncbi.nlm.nih.gov
4. Национальный исследовательский институт генома человека (NHGRI): Часто задаваемые вопросы о генетическом тестировании напрямую для потребителей для медицинских работников (по состоянию на 14.06.2023) – genome.gov

Дословная английская цитата с определением SNP-чипа, сведения об автоматической кластеризации, показатели качества свыше 99 процентов для 108.574 распространённых вариантов и доля подтверждения 16 процентов для 4.757 гетерозиготных генотипов очень редких вариантов взяты из [1]. Сведения о материале образца и ходе генетического исследования основаны на [2]. Размер чипа, воспроизводимость, точность импутации и сравнение с более чем 100 миллионами подтверждённых вариантов в dbSNP взяты из [3]. В [4] указано, что количество и расположение исследуемых позиций различаются у разных поставщиков, а отчёты содержат только заранее определённый набор вариантов. Сведения о цене, типе образца, объёме исследования и лаборатории взяты со страницы продукта mybody®x, просмотренной 31.08.2026; срок обработки соответствует единому установленному сроку для ДНК-тестов. Все четыре источника были открыты и проверены 31.08.2026.

Редакционная и экспертная команда mybody®x

Нутригенетика Лабораторная диагностика Генетическая аналитика Наука о питании

Эта статья подготовлена редакционной и экспертной командой mybody®x. Команда объединяет специалистов по нутригенетике, лабораторной диагностике и науке о питании. Список участников команды представлен на странице авторов.

Опубликовано 31.08.2026 · Последнее обновление: 31.08.2026

Анализ ДНК предназначен для консультаций по питанию и образу жизни. Это не диагностическая процедура, он не позволяет прогнозировать заболевания и не заменяет медицинское обследование или консультацию врача. Генетические варианты описывают вероятности в популяционных группах, а не предопределённость для отдельных людей.