Tests intestinaux et du microbiome : indicateurs, méthodologie et fondements scientifiques
Un test du microbiome analyse, à partir d’un échantillon de selles, la composition des bactéries intestinales — notamment leur diversité, la proportion des différents groupes bactériens et les signes d’une dysbiose. Il décrit l’état actuel de l’environnement intestinal, mais ne pose pas de diagnostic. Le « leaky gut » est un concept débattu scientifiquement, et non un constat autonome établi. Les résultats anormaux doivent être interprétés par un médecin.
En quoi consistent les tests intestinaux et du microbiome sur le plan scientifique
Le microbiome intestinal désigne l’ensemble des milliers de milliards de micro-organismes présents dans l’intestin. Le Human Microbiome Project a montré que la composition varie fortement d’une personne saine à l’autre et qu’il n’existe pas un seul microbiome « normal » [1]. Un test du microbiome détermine quels groupes bactériens sont présents et dans quelles proportions, puis en déduit des indicateurs tels que la diversité bactérienne ou des signes de déséquilibre (dysbiose).
La recherche établit un lien entre la composition du microbiome, l’alimentation, le métabolisme et la fonction immunitaire [2]. Les bactéries produisent par exemple à partir des fibres alimentaires des acides gras à chaîne courte comme le butyrate, qui jouent un rôle important pour la muqueuse intestinale [4]. Ces liens sont principalement associatifs : ils montrent des profils, mais rarement des chaînes de causalité clairement établies pour une personne donnée.
Cette page explique quels indicateurs fournit un test du microbiome, sur quelles études repose leur interprétation, comment l’échantillon de selles est traité et, tout aussi important, quelles en sont les limites. En effet, les sociétés savantes évaluent jusqu’à présent avec prudence la portée clinique de ces tests [6].
Aperçu des indicateurs analysés
| Indicateur | Ce que cela décrit | Pourquoi c’est pertinent | Interprétation (probabiliste) | Source |
|---|---|---|---|---|
| Diversité bactérienne (diversité) | Le nombre d’espèces bactériennes différentes présentes et leur équilibre. | Une diversité plus élevée est souvent associée dans les études à la stabilité de l’environnement intestinal. | Une valeur indicative, pas un score de santé ; « plus » ne signifie pas automatiquement « mieux ». | HMP 2012 [1] |
| Entérotype | Classification selon les groupes bactériens dominants. | Décrit de grands profils du microbiome à l’échelle des populations. | Les entérotypes sont davantage des tendances que des catégories strictes. | Arumugam 2011 [3] |
| Dysbiose | Rapport entre les bactéries plutôt protectrices et celles plutôt délétères. | Un déséquilibre est associé à différents troubles. | Associatif, non diagnostique ; un profil, pas la preuve d’une maladie. | Valdes 2018 [2] |
| Acides gras à chaîne courte (producteurs d’AGCC) | Proportion de bactéries qui produisent, par exemple, du butyrate à partir de fibres alimentaires. | Les AGCC sont importants pour l’approvisionnement énergétique de la muqueuse intestinale. | Déduction à partir de la composition bactérienne, sans mesure directe des AGCC. | Koh 2016 [4] |
| Muqueuse intestinale et barrière | Bactéries marqueuses associées à la fonction de la muqueuse et de la barrière intestinale. | Lien avec le thème de la perméabilité intestinale, discuté dans la littérature scientifique. | Le test mesure la composition, et non directement la perméabilité de la barrière. | Fasano 2011 [5] |
| Indices FODMAP et métaboliques | Déductions fonctionnelles concernant l’utilisation des nutriments et le milieu intestinal. | Sont destinées à fournir des indications pour adapter l’alimentation. | Interprétations calculées, à vérifier individuellement avec des professionnels de santé. | Valdes 2018 [2] |
Selon le fournisseur, le test Complete détecte plus de 1 500 espèces bactériennes et plusieurs domaines fonctionnels. Tous les indicateurs sont des classifications statistiques issues de la recherche sur le microbiome et ne constituent pas des diagnostics individuels.
Les indicateurs en détail
Diversité bactérienne
La diversité décrit le nombre d’espèces bactériennes présentes et la régularité de leur répartition. Le Human Microbiome Project a montré que les personnes en bonne santé peuvent avoir des microbiomes très différents, mais fonctionnellement similaires [1]. Une faible diversité est associée dans certaines études à des profils défavorables ; toutefois, une seule valeur de diversité ne permet pas de juger de l’état de santé.
Entérotypes
Arumugam et ses collègues ont décrit que les microbiomes pouvaient être regroupés approximativement selon les genres dominants (entérotypes) [3]. Cette classification aide à situer les profils, mais ne constitue pas un système rigide de catégories : les transitions sont progressives et influencées par l’alimentation et le mode de vie.
Dysbiose
On parle de dysbiose lorsqu’il existe un déséquilibre entre des groupes bactériens plutôt bénéfiques et plutôt défavorables. Des revues de la littérature établissent un lien entre certains profils de dysbiose, l’alimentation et différents tableaux de symptômes [2]. Important : un tel profil constitue une association, et non une preuve de maladie ni une indication de traitement.
Acides gras à chaîne courte (SCFA) et métabolisme énergétique
Les bactéries intestinales produisent, à partir des fibres alimentaires, des acides gras à chaîne courte (Short-Chain Fatty Acids, SCFA), comme le butyrate, l’acétate et le propionate. Le butyrate est une source d’énergie importante pour les cellules de la muqueuse intestinale [4]. Le test estime le potentiel à partir des bactéries productrices de SCFA présentes ; il ne mesure pas directement les acides gras.
Barrière intestinale et « Leaky Gut »
Le terme « Leaky Gut » (perméabilité intestinale accrue) décrit une augmentation de la perméabilité de la barrière intestinale. Le concept et le rôle possible de la zonuline, un messager chimique, font l’objet de discussions scientifiques [5], mais ne sont pas définitivement reconnus comme une maladie à part entière. Le test du microbiome évalue la composition bactérienne associée à la fonction de la barrière intestinale — il ne mesure pas directement sa perméabilité.
Protection des données, méthodologie et qualité
Protection des données et traitement des données : La protection de tes données est notre priorité. Selon le règlement général sur la protection des données (RGPD), les données de santé font partie des catégories particulières de données à caractère personnel qui bénéficient d’une protection renforcée (article 9 du RGPD). Chez mybody®, leur traitement est limité à une finalité précise : il est effectué exclusivement pour réaliser et analyser ton test, sur la base de ton consentement. Aucun traitement ultérieur à d’autres fins n’a lieu sans ton accord.
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L’échantillon est prélevé à domicile sous forme de selles. L’ADN bactérien est extrait de l’échantillon et analysé par séquençage de l’ADN ; la composition et les indicateurs qui en sont déduits sont ensuite calculés. Les profils du microbiome de ce type reposent généralement sur le séquençage du gène bactérien de l’ARNr 16S.
-
1
Prélever l’échantillon de selles
À domicile avec le kit de test et l’enveloppe de retour.
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2
Réexpédition
Réexpédition gratuite au laboratoire d’analyse.
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3
Séquençage de l’ADN
Extraction et séquençage de l’ADN bactérien.
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4
Bioinformatique
Analyse et comparaison avec des données de référence.
-
5
Résultat
Élaboration du rapport ; 5 à 10 jours ouvrés après réception de l’échantillon.
Laboratoire et accréditation : L’analyse est réalisée dans le laboratoire médical spécialisé MVZ GANZIMMUN GmbH (Mayence) au moyen du séquençage de l’ADN ; le laboratoire est accrédité selon la norme DIN EN ISO 15189:2024 (numéro d’enregistrement DAkkS D-ML-13151-01-00) [8]. Il participe à des essais interlaboratoires externes (notamment INSTAND e.V., Referenzinstitut für Bioanalytik/RfB, UK NEQAS, ERNDIM). Le terme accrédité (évaluation de la compétence technique et professionnelle selon la norme DIN EN ISO 15189 par la DAkkS) doit être distingué de certifié (système de management, par exemple ISO/IEC 27001) [7].
Ce que ces tests ne permettent pas de faire
- Pas de diagnostic. Un test du microbiome décrit une composition ; il ne permet pas d’établir une maladie et ne remplace pas un diagnostic médical.
- Forte variabilité. Le microbiome évolue en fonction de l’alimentation, des médicaments et du temps. Les résultats constituent un instantané et leur reproductibilité varie selon la méthode utilisée.
- Le « syndrome de l’intestin perméable » n’est pas un diagnostic établi. Ce concept fait l’objet de recherches ; un test fondé sur la composition du microbiome ne peut pas prouver une perméabilité intestinale accrue.
- Évaluation scientifique prudente. Les instances scientifiques internationales considèrent actuellement que l’utilisation clinique des tests du microbiome est limitée [6] ; les recommandations qui en découlent doivent être interprétées avec prudence.
- Quand une consultation médicale est-elle nécessaire ? En cas de sang dans les selles, de perte de poids involontaire ou de symptômes persistants ou intenses, l’évaluation doit être confiée à un médecin — et non à un autotest.
Questions fréquentes
Dois-je prendre certaines précautions avant le prélèvement de selles ?
Pour obtenir un résultat pertinent, il convient de prélever l’échantillon conformément aux instructions. Une prise récente d’antibiotiques, une diarrhée aiguë ou un changement important d’alimentation peuvent modifier temporairement le microbiome. Il est préférable de noter ces circonstances et d’en tenir compte lors de l’interprétation du rapport.
Qu’est-ce qu’une dysbiose ?
On parle de dysbiose lorsqu’il existe un déséquilibre entre des groupes bactériens plutôt favorables et plutôt défavorables dans l’intestin. De tels profils sont associés dans des études à l’alimentation et à certains troubles. Un indice de dysbiose constitue une association et non la preuve d’une maladie.
Un test du microbiome peut-il diagnostiquer des maladies ?
Non. Le test décrit la composition de la flore intestinale, mais n’établit aucun diagnostic. Les maladies intestinales sont évaluées par un médecin, notamment au moyen de l’anamnèse et d’examens sanguins, de selles ou endoscopiques. Le test peut tout au plus fournir des éléments à aborder lors d’un échange avec un médecin.
Que signifie « intestin perméable » — et le test le mesure-t-il ?
Le terme « intestin perméable » désigne une perméabilité accrue de la barrière intestinale. Ce concept fait l’objet de discussions scientifiques, mais n’est pas reconnu comme une maladie à part entière. Le test du microbiome évalue la composition bactérienne associée à la barrière ; il ne mesure pas directement la perméabilité elle-même.
Quelle est la fiabilité et la reproductibilité des tests du microbiome intestinal à partir de selles ?
Les résultats dépendent du prélèvement de l’échantillon, du moment du prélèvement, de l’alimentation et de la méthode d’analyse, et peuvent varier. Les sociétés savantes restent prudentes quant à la portée clinique des tests destinés directement aux consommateurs. À l’heure actuelle, ces tests ne sont que partiellement adaptés à une évaluation médicale fiable.
Que sont les entérotypes ?
Les entérotypes constituent une classification sommaire des microbiomes selon les groupes bactériens dominants. Ils aident à décrire des profils observés au sein de différentes populations. Les limites entre les types sont floues et sont influencées par l’alimentation et le mode de vie.
Comment se déroule le prélèvement de l’échantillon et combien de temps cela prend-il ?
L’échantillon de selles est prélevé à domicile à l’aide du kit de test, puis renvoyé gratuitement au laboratoire. Après réception de l’échantillon, l’analyse prend généralement 5 à 10 jours ouvrés ; le rapport est ensuite disponible sur le portail en ligne. La durée exacte est indiquée sur la page du produit.
Comment mes données sont-elles protégées ?
Le traitement est conforme au RGPD ; le système de management de la sécurité de l’information est établi selon la norme ISO/IEC 27001. Les données de santé sont transmises et stockées sous forme chiffrée. Les détails sont régis par la politique de confidentialité du prestataire.
Sources
- Human Microbiome Project Consortium. Structure, fonction et diversité du microbiome humain sain. Nature 2012;486:207–214. PubMed
- Valdes AM, Walter J, Segal E, Spector TD. Rôle du microbiote intestinal dans la nutrition et la santé. BMJ 2018;361:k2179. PMC
- Arumugam M et al. Entérotypes du microbiome intestinal humain. Nature 2011;473:174–180. Nature
- Koh A, De Vadder F, Kovatcheva-Datchary P, Bäckhed F. Des fibres alimentaires à la physiologie de l’hôte : les acides gras à chaîne courte comme métabolites bactériens clés. Cell 2016;165(6):1332–1345. PubMed
- Fasano A. La zonuline et sa régulation de la fonction de la barrière intestinale : la porte biologique vers l’inflammation, l’auto-immunité et le cancer. Physiol Rev 2011;91(1):151–175. Physiological Reviews
- Cammarota G et al. Déclaration de consensus internationale sur les tests du microbiome en pratique clinique. Lancet Gastroenterol Hepatol 2024. PMC
- DAkkS – Laboratoires médicaux / DIN EN ISO 15189 (explication de l’accréditation). dakks.de
- MVZ GANZIMMUN GmbH. Gestion de la qualité – accréditation selon DIN EN ISO 15189:2024 (DAkkS D-ML-13151-01-00). ganzimmun.de
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Du contrôle de base compact de la flore intestinale à l’analyse Complete complète.
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